A l'occasion des départs d'Emmanuel Hondré, qui quitte ses fonctions de directeur du département concert et spectacles pour prendre la direction de l'Opéra de Bordeaux et d'Antonella Zedda, directrice de la production, qui rejoint la fondation Palazzetto Bru Zane en tant qu'administratrice générale, la Philharmonie annonce unifier dorénavant la programmation et la production au sein du département concerts et spectacles. Sont ainsi nommés en binôme à la direction conjointe de ce département : Aurore Aubouin, jusqu'à présent en poste au Théâtre Royal de la Monnaie à Bruxelles, et Édouard Fouré Caul-Futy, auparavant délégué artistique de l'Orchestre de Paris. Ce dernier sera remplacé par Christian Thompson, venu de l'Orchestre symphonique et du Chœur de la radio suédoise.
En janvier 2022, une fonction nouvellement créée verra le jour, celle de directrice déléguée auprès de la direction générale en charge de la responsabilité sociétale et de nouveaux projets. Ce poste sera occupé par Sarah Koné, formée au chant et à la direction d'orchestre au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, également fondatrice et directrice de la Maîtrise populaire de l'Opéra-Comique.